Metodă rapidă de identificare a variantei britanice (B.1.1.7) a virusului SARS-CoV-2

Varianta de coronavirus originară din Marea Britanie, B.1.1.7, este caracterizată printr-o transmisibilitate crescută și a fost prezentată de specialiști ca fiind la originea creșterii masive a numărului de cazuri din Marea Britanie pe parcursul lunii decembrie, atenuată ulterior prin noi măsuri de carantinare națională, în luna ianuarie 2021. Evoluția numărului de cazuri COVID-19 identificate în Marea Britanie este prezentată în figura de mai jos, conform datelor prezentate de guvernul britanic.

Din aceste motive, varianta britanică provoacă motive de îngrijoare în întreaga Uniune Europeană și în alte țări, fiind considerată, alături de variantele din Africa de Sud (B.1.351) și Brazilia (P.1), ca variants of concern de către Centrul European pentru Combaterea și Controlul Bolilor, fiind preconizat că varianta britanică va deveni varianta dominantă în numeroase regiuni europene. Din păcate, procesul de identificare a persoanelor infectate cu varianta britanică a virusului SARS-CoV-2 (B.1.1.7) este mult îngreunat de timpul necesar procesului de secvențiere a genomului virusului SARS-CoV-2, utilizat în prezent ca metoda de identificare, de costurile asociate acestei metode și de capacitatea redusă de secvențiere, mai ales în țara noastră.

În cadrul Laboratorului de Metagenomică și Biologie Moleculară al Universității „Ștefan cel Mare” din Suceava (USV), au fost realizate, pe parcursul ultimei săptămâni, secvențieri pentru un număr de 101 probe, provenite de la pacienți depistați pozitivi cu SARS-CoV-2, de pe raza județelor Timiș, Neamț, Iași și Suceava. Din probele analizate, au fost depistate un număr de 65 noi cazuri aparținând tulpinii de interes epidemiologic B.1.1.7 (VOC 202012/01), cunoscută ca având originea in Marea Britanie.

Pornind de la rapoartele publicate de Serviciul de Sănătate Publică din Anglia (Public Health England) privind investigarea noii variante SARS-CoV-2, s-au testat cele 101 probe și prin metoda RT-PCR, folosind kitul TaqPath menționat în studiu. Toate cele 65 de cazuri de tulpini britanice au fost identificate prin metoda RT-PCR (TaqPath) ca având gena S nedeterminată și doar unul dintre celelalte 36 de cazuri pozitive a mai fost identificat prin RT-PCR (TaqPath) ca având gena S nedeterminată, obținându-se pentru acest set o corelație de 99% între cele 2 metode (metoda de secvențiere a întregului genom al virusului și metoda de testare prin RT-PCR (TaqPath)). Totodată, observăm o pondere de 98,5% de tulpini britanice din grupul celor depistate la RT-PCR (TaqPath) cu gena S nedeterminată, comparativ cu runda precedentă de secvențiere, când doar 14 din cele 22 de probe identificate prin RT-PCR (TaqPath) cu gena S nedeterminată (i.e. 64%) au fost confirmate ca fiind varianta britanică (B.1.1.7).

Deoarece diferența medie dintre datele de prelevare a probelor între cele două runde de secvențiere ale USV a fost de aproximativ 4 săptămâni, se poate asimila această situație evoluției observate în Marea Britanie unde, pe parcursul a 4 săptămâni, ponderea variantei B.1.1.7 în grupul celor care prezentau deleția aminoacizilor 69-70 (Δ69-70) a crescut de la 64%, la data de 2 noiembrie 2020, la 95%, la data de 30 noiembrie 2020, și la peste 99%, cu 2 săptămâni mai târziu. Evoluția ponderii variantei B.1.1.7 în grupul celor cu deleția Δ69-70 este prezentată în figura de mai jos pentru o perioadă de 3 luni, de la 12 octombrie 2020, la 11 ianuarie 2021. Deoarece nedeterminarea genei S prin metoda RT-PCR (TaqPath) se corelează aproape perfect cu deleția aminoacizilor 69-70 (Δ69-70), se poate infera că ne aflăm, în România, într-o perioadă în care peste 95% dintre probele identificate prin RT-PCR (TaqPath) cu gena S nedeterminată sunt de tipul variantei britanică B.1.1.7.

Deoarece timpul necesar testării prin RT-PCR (TaqPath) este mult mai redus decât cel necesar metodei de secvențiere (fiind timpul obișnuit al unui proces de testare RT-PCR), costul kiturilor de testare este mult mai mic decât al kiturilor de secvențiere, în timp ce capacitatea de testare RT-PCR (TaqPath) din România este mult mai mare decât cea de secvențiere, este justificată, în această perioadă, utilizarea metodei RT-PCR (TaqPath) pentru decizii rapide și doar secvențierea prin selecție pentru validarea periodică a metodei rapide.

În același timp, procesul de secvențiere trebuie extins și diversificat în România, pentru identificarea celorlalte variante de tulpini cu transmisibilitate crescută sau cu alte caracteristici îngrijorătoare.  Comisia Europeană a recomandat, din luna ianuarie, ca țările europene să îşi înnoiască strategiile de testare pentru a răspunde noilor tulpini și să crească urgent secvenţierea genomică, cel puţin până la 5%, preferabil până la 10% din rezultatele pozitive. Subliniem și faptul că identificarea prezenței variantelor de tulpini cu transmisibilitate crescută reprezintă doar unul dintre obiectivele activității de secvențiere, Organizația Mondială a Sănătății recomandând prioritizarea secvențierilor și în alte scopuri, precum: persoane vaccinate pentru SARS-CoV-2, dar care ulterior se infectează cu SARS-CoV-2; în cazul existenței de suspiciuni privind modificarea performanței metodelor de diagnostic (anticorp, antigen, teste moleculare) sau a terapiilor; în cazul investigațiilor de tip cluster, când secvențierea poate să sprijine înțelegerea evenimentelor de transmisie și / sau să evalueze eficacitatea procedurilor de control al infecției; în alte condiții de risc, cum ar fi cele unde a existat o interacțiune strânsă a pacientului cu un număr mare de animale care sunt susceptibile la infecția cu SARS-CoV-2.

Această informare publică a fost realizată de prof.univ.dr. Mihai Dimian, prof. univ. dr. Mihai Covașă și conf.univ.dr. Andrei Lobiuc, activitatea de secvențiere la Universitatea „Ștefan cel Mare” din Suceava fiind parțial finanțată de Unitatea Executivă pentru Finanțarea Învățământului Superior, a Cercetării, Dezvoltării și Inovării prin proiectul „Secvențierea genomului SARS-CoV-2 și analiza filogenetică a tulpinilor circulante în România”, Cod proiect: PN-III-P2-2.1-SOL-2020-0142.

Lasă un răspuns

Adresa ta de email nu va fi publicată. Câmpurile obligatorii sunt marcate cu *

Acest sit folosește Akismet pentru a reduce spamul. Află cum sunt procesate datele comentariilor tale.